「ネイチャー」1987年1月1日号に、カリフォルニア大学バークレー校のレベッカ・キャン、アラン・ウィルソンらの分子人類学グループが提唱した新説で、 「現世人類の祖先ホモ・サピエンスは２０万年前のアフリカに居た、たった一人のアフリカ人女性から派生した。」というもの。 （ただし、一人といっても、アダムとイブのように本当に二人きりだった訳ではなく、当時この地域には１万人程度は居たと考えられている。 女性を半分と見ても５千人は居たことになるが、４９９９人の女性は子孫を残さなかった、全て途中で絶滅したということである。）

　これは、１４７人分の胎盤からミトコンドリアＤＮＡを抽出し、系統樹をつくり、それをコンピュータで解析して得られたものである。 当初ミトコンドリアＤＮＡの分子時計の正確さやコンピュータ解析のソフトの使用法について、疑問が出されたが、基本的には正しいことが明らかになっていった。

20万年前はステージ6のリス氷期(18万6千年前)に至る頃で、 この頃オナガザルの仲間が爆発的に種が分化

　さらにウィルソンは４千人以上の非アフリカ系のミトコンドリアＤＮＡを調べたが、アフリカよりも古いものは一例も見つからなかった。 これは現在でもそうである。他の研究者たちの結果も同様であり、宝来聰（総合研究大学院大）は１４万３千年前と出した。 核内ＤＮＡのデータも同じ結果を示し、根井正利（ペンシルヴェニア州立大）も単一起源を推定させるデータを出した。

　集団遺伝学からも多地域進化説に対する批判が起こった。多地域進化説では、人類が地理的に広がったにもかかわらず、多様性がない事の説明として、 遺伝子が絶えず交換されていた（つまり通婚があった）ことを想定しているが、シャーヒン・ルーハニ（英）は、アフリカから中国沿岸まで広がった時、 例え生態学的に同一だったとしても（現実にはそんなことは有り得ないが）、個体群は地理的に隔離され、相互に分岐し、やがて通婚はできなくなり、 そうなれば同じ方向に進化が進む事は有り得ないと断定する。

又、スタンフォード大学のキャバーリ・スフォルツァは、遺伝子の交換が平衡状態に達するまでには、途方もない時間がかかり、 人類の歴史全体でも足りないくらいだとした。 　キャバーリ・スフォルツァは88年、同僚のジョセフ・グリーンバーグの協力を得て、核内ＤＮＡの分岐系統図と言語学のデータを比較した。 言語は人間と共に変化して行くが、グリーンバーグの言語系統樹はＤＮＡによる系統樹とほとんど重なり合った。 多地域進化説が正しいなら、各地域の言語はそれぞれが、かなりの古さと異なるルーツを持っていなければならない。 又、言語進化は生物進化よりはるかに速く進むから、やがて、人間集団との関連性は薄くなるはずである。 しかし実際はそうなっていない。